chore(config): 参考 novavis 完善 Agent 配置体系

- AGENTS.md: 新增 §20 工具脚本复用 / §21 分析结论复用 / §22 Flaky 门禁，更新文档配置表
- .pi/: 新增 settings.json、rules/guardrails.md、prompts/{debug,review,ship}-gym-manage.md
- .agents/: 新增 Hook 配置与 4 个 Hook 脚本（session-start/pre-agent-check/check-completeness/stop-check）
  及 protocols/systematic-debugging.md（check-completeness 含接口链缺口检测）
- scripts/flaky-scan.sh: vitest shuffle 稳定性扫描（gym-manage-web）
- .gitignore: 追踪 AGENTS.md 与 .pi 配置，忽略运行时缓存（todos/taskflows-runs/tokenomy/sessions）

.gitignore

@@ -154,8 +154,15 @@ docs/superpowers/*
 # .trae
 .trae/
 
-# agent 
-AGENTS.md
+# Agent 行为规则与配置（参考 novavis 模式：AGENTS.md / .agents 入库）
+# .pi 配置文件（settings.json / rules / prompts）入库，运行时缓存忽略
+.pi/todos/
+.pi/taskflows/runs/
+.pi/tokenomy-cache/
+.pi/tokenomy-stats.json
+sessions/
+.agents/.suppress-hooks
+.agents/skills/
 
 # dogfood
 dogfood-output/